Структура отделений и секций академии фактически призвана отражать все основные направления альтернативной науки и техники. Основных направлений два. Первое направление - это направление критики теорий и парадигм ортодоксальной науки и техники.  Второе направление - это направление включающее в себя все основные альтернативные теории и парадигмы, созданные внутри альтернативной науки и техники. Данные направления ветвятся, в соответствии с ними ветвится и структура отделений, секций и сайтов академии. Предположительно, в начале создания академии каждое из отделений и секций должно располагать соответствующим разделом на сайте академии. В последствии, для каждого из отделений и секций должен быть создан свой сайт, на котором должна проходить "вся жизнь" соответствующего подразделения академии. Мы можем выделить следующие основные направления, отделения и секции.